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Ateliers

Deux ateliers seront offerts cette année par la SCEE. L'inscription aux ateliers se fait sur le formulaire d'inscription à la conférence.

Rendre votre programme découvrable et utilisable

Alors que la littératie informatique augmente au sein de la communauté scientifique grâce à des langages de programmation plus faciles à utiliser (R, python, ...), ainsi qu’un meilleur accès à des formations, le nombre et la diversité de nouveaux outils disponible ne cesse d’augmenter. La vitesse à laquelle de nouveaux logiciels émergent en rend le suivi parfois difficile et il est dans l’intérêt des gens lançant de nouveaux outils de s’assurer qu’ils seront découvrables et utilisables. Cet atelier portera sur de bonne pratiques à avoir afin de s’assurer que le code que vous écrivez sera trouvé et utilisé par les utilisateurs potentiels. Plus particulièrement, cet atelier sera organisé autour des points suivants : (1) Comment choisir une licence qui soit propice à la réutilisation et à l’amélioration? Nous passerons en revue les avantages et inconvénients de différentes licences pour différents utilisateurs. (2) Comment obtenir un DOI pour votre logiciel afin qu’il puisse être cité? Nous verrons comment utiliser le GitHub, Zenodo et figshare pour obtenir des DOI pour vos codes. (3) Comment écrire une documentation efficace? Nous regarderons divers exemples pour comprendre ce qui rend une documentation efficace pour les autres programmeurs, utilisateurs expérimentés et débutants. (4) Comment écrire une note de logiciel? Nous passerons en revie les différentes manières d’écrire une notre de logiciel et en particulier comment trouver des cas qui font dire au lecteur «Wow, j’ai besoin d’utiliser ceci!». Cet atelier est ouvert à tous ceux qui sont intéressés à développer un logiciel pour leur propre recherche. Chaque question sera couverte par une session de 45 à 60 minutes, incluant un mélange de questions/réponses et démonstration pratiques.

 Places disponibles : 10-20

Durée de l'atelier : Jeudi le 21mai 2015, de 13:00 à 16:00 (demie journée)

Coût d'inscription : 10 $

Organisateur

Timothée Poisot - Tim est un écologiste numérique qui travaille en écologie des communautés et en biogéographie. Il est aussi éditeur pour les applications pour Methods in Ecology and Evolution.

Université de Montréal, Département de Sciences Biologiques

Email: tim@poisotlab.io

http://timotheepoisot.fr/
Introduction à R

Le langage statistique R a été rapidement adopté par un grand nombre d'écologistes et est maintenant utilisé dans un ensemble de sous-disciplines écologiques pour l'analyse statistique et la production de figure de qualité de publication. Cet atelier vise à introduire les participants au langage R, plus précisément en mettant l'accent sur l'importation de données, les test statistiques standards et la création de graphiques de base. L'atelier comprend surtout de la praqtique et vous permettra d'explorer vos propres données dans R. La participation à cet atelier peut être indépendante, ou peut servir de base à l'atelier sur l'analyse des données de communautés dans R en après-midi.

Places disponibles : 25

Durée de l'atelier : Jeudi 21 mai 2015, de 8:30 (am) à 12:00 (pm) (demie journée)

Coût d'inscription : $15

Organisateur

Gavin Simpson - Développeur and co-maintaineur de vegan

Email: ucfagls@gmail.com
Introduction à l’analyse des données de communautés écologiques utilisant vegan et R

Pour les écologistes des communautés utilisant R, l’un des outils les plus utilisés et les plus utiles est la bibliothèque vegan dans le logiciel R, qui offre une panoplie de fonctionnalités couvrant les ordinations, les analyses de diversité et les simulations écologiques. Cet atelier offrira à ses participants une introduction pratique à certaines des fonction les plus utiles retrouvées dans vegan. Nous nous concentrerons en particulier sur les méthodes multivariées incluant les ordinations sous contraintes (CCA, RDA) et sans contraintes (PCA, CA et NMDS) ainsi que leurs outils graphiques associés. Nous démontrerons en plus comment utiliser le nouveau test par permutations contraintes pour divers dispositifs expérimentaux. Le format de l’atelier prend pour acquis que les participants ont une connaissance de base en langage R. Une brève récapitulation des éléments importants sera faite au début de l’atelier. Tous les participants doivent apporter leur propre ordinateur portable avec R et RStudio (disponible gratuitement en ligne pour tous les systèmes d’exploitation à rstudio.com) installés. Les jeux de données et le code pour cet atelier sera rendu public pour l’apprentissage autodidacte via github.com, afin que les ressources fournies vous soient toujours disponibles.

Places disponibles: 25

Durée de l'atelier : Jeudi 21 mai 2015, de 13:00 à 16:00 (demie journée)

Coût d'inscription : $15

Organisateur

Gavin Simpson – Dévelopeur et co-mainteneur de vegan.

Email: ucfagls@gmail.com